Por medio del Decreto No. 1959 de 2023, firmado por el Presidente de la República, Gustavo Petro, el Ministerio de Salud señaló que este documento busca crear una nueva entidad, que reinicie la prestación del servicio de salud de mediana y alta complejidad, así como procesos de investigación en temas de salud.
Otra de las características del nuevo San Juan de Dios, según lo define la resolución firmada por el presidente, será su participación en procesos de formación de talento humano en salud, en educación superior, educación para el trabajo, el desarrollo humano y la educación continua.
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Así mismo, con el acto administrativo, el proceso de adquisición de la infraestructura se hará a través de la Agencia Nacional Inmobiliaria Virgilio Barco, la cual asumirá los roles de ente principal y ente gestor transitorio hasta que la nueva entidad prestadora de salud designe un organismo permanente.
El Nuevo Hospital Universitario San Juan de Dios y Materno Infantil será creado como una entidad de carácter especial con autonomía administrativa, que estará adscrita al Ministerio de Salud y Protección Social.