En segunda instancia, el Tribunal Superior de Bogotá condenó a los sargentos Luis Fernando Nieto Velandia, Antonio Rubay Jiménez Gómez y Ferney Ulmardín Causayá Peña a 40 años de prisión, una multa de 6.150 salarios mínimos legales mensuales, es decir más de 2.667 millones de pesos, y una inhabilidad de 20 años para ejercer cargos públicos como coautores impropios de los delitos de Desaparición Forzada Agravada de la exguerrillera del M-19 Irma Franco Pineda y los trabajadores del Palacio de Justicia, Carlos Augusto Rodríguez Vera y Bernardo Beltrán Hernández.
“Se cuenta con prueba de que Irma Franco Pineda, Carlos Augusto Rodríguez Vera y Bernardo Beltrán Hernández salieron con vida del palacio de justicia con dirección a la casa del florero y, a la fecha, se encuentran desaparecidos”, se lee en el fallo.
Asimismo, en la decisión condenó al coronel Edilberto Sánchez Rubiano y el capitán Oscar William Vásquez Rodríguez a 40 años de prisión, pagar una multa de 3.500 salarios mínimos legales, es decir más de 1.517 millones de pesos y una inhabilidad de 20 años para ejercer cargos públicos como coautores impropios de los delitos de Desaparición Forzada Agravada de Franco, Rodríguez Vera y Beltrán Hernández.
En la condena, el Tribunal tuvo en cuenta que “varios de los sobrevivientes que fueron separados en la Casa del Florero, fueron considerados 'especiales' o 'sospechosos', apartados del grupo general y sometidos a fuertes interrogatorios en el segundo piso de la referida casa, hasta que los llevaron a instalaciones militares, de la Policía o a las afueras de Bogotá, entre ellas a la Escuela de Caballería bajo el mando de la Brigada 13, con un sector asignado específicamente al B2, donde recibieron tratos crueles y degradantes para que entregaran información sobre el M-19 o la toma al Palacio”.
Para la fecha de la toma del Palacio de Justicia, Irma Franco, era una joven de 28 años, estudiante de Derecho de la Universidad Libre, integrante del M-19, conocida con el alias de 'Mariana'. Ese día ingresó al edificio haciéndose pasar por una abogada, sin embargo, participó del asalto al recinto usando armas de fuego en compañía de otra mujer, fue evacuada en medio del enfrentamiento militar y conducida a la Casa del Florero, donde estuvo a disposición de los organismos de seguridad del Estado.
Mientras que, Carlos Augusto Rodríguez Vera era el administrador de la cafetería del Palacio, y quedó acreditado que entró a la casa museo el 7 de noviembre de 1985 y después trasladado a las caballerizas ubicadas en las instalaciones de la Escuela de Caballería, donde recibió torturas, debido a su presunta pertenencia al M-19, lo que trajo como consecuencia su fallecimiento.
En cuanto a Bernardo Beltrán Hernández, este era mesero en la cafetería del Palacio de Justicia y resaltó el Tribunal que salió con vida del asalto como lo muestran los vídeos, quedó a disposición de las Fuerzas Militares y fue desaparecido, pues desde entonces se desconoce su suerte.