De su pluma han brotado inspiraciones como “Conteo Regresivo” para Gilberto Santa Rosa y “Arroz con Habichuela” – “El Comején” – “La Espuma y La Ola” para el Gran Combo de Puerto Rico.
En 2006, Juan José creó su banda San Juan Habana, concepto musical que fusiona ritmos cubanos, puertorriqueños y latinoamericanos en general, que se ha convertido en uno de los grupos emblemáticos de la nueva generación de salseros dentro y fuera de Puerto Rico, conquistando el gusto de los bailadores y conocedores de la música .
En el 2008, Juan José Hernández quien es además el cantante y bajista de la agrupación, lanza su primer álbum "Llegó San Juan Habana", bajo su sello independiente SJH Records y bajo la producción general de Juan José Hernández quien además es el compositor, arreglista y productor musical del disco.
En Julio de 2012 salió al mercado la segunda producción musical de San Juan Habana titulada ‘La hora del Té’, con 10 canciones todas compuestas por Juan José quien también es arreglista y productor musical del disco.
En Mayo de 2013 grabó el vídeo de la canción ‘Mi Estrategia’, que se encuentra en la producción musical, ‘La Hora del Té’ que interpreta junto a su compatriota cubano Isaac Delgado y que recibió todo el respaldado de los medios de comunicación.